Päätöksenteko
Viraston toiminta perustuu Museovirastosta annettuun lakiin ja asetuksiin. Lisäksi toimintaa ohjaavat mm. muinaismuistolaki ja laki rakennusperinnön suojelemisesta. Museovirasto toimii opetus- ja kulttuuriministeriön hallinnonalalla.
Viraston toimintaa johtaa pääjohtaja Tiina Merisalo.
Häntä avustavat ydinprosessien johtajat:
- Suomen kansallismuseon ylijohtaja Elina Anttila
- osastonjohtaja Ulla Salmela (Kulttuuriympäristöpalvelut)
- osastonjohtaja Hannu-Pekka Polttila (Arkisto- ja tietopalvelut)
- kehittämisjohtaja Pirjo Hamari (Museoalan kehittäminen)
- hallintojohtaja Carolina Ansinn (Hallintopalvelut)
- talouspäällikkö Otto Arola (Hallintopalvelut / Talouspalvelut)
- markkinointi- ja viestintäjohtaja Päivi Kukkamäki (Markkinointi ja viestintä).
Virastolle kuuluvat asiat ratkaisee erityisistunto, pääjohtaja, ylijohtaja, osastonjohtaja tai muu työjärjestyksessä määrätty virkamies.
Erityisistunto
Museoviraston erityisistunto ratkaisee mm. merkittävät rakennussuojelua ja muinaisjäännösten suojelua, kulttuuriesineiden maastavientiä sekä muinaisesineiden lunastamista ja siirtämistä koskevat asiat.
Erityisistunnon puheenjohtaja on pääjohtaja ja jäseninä ovat Suomen kansallismuseon ylijohtaja, muiden ydinprosessien osastonjohtajat sekä oikeusoppinut asiantuntijajäsen.